Panunzio, dopo oltre tre anni di calvario (minacce e richieste estorsive), sapeva che poteva anche essere assassinato. Per questo, aveva affidato ad un memoriale le sue paure, i suoi sospetti, e magari anche le sue certezze. Quel memoriale, poi confermato davanti al magistrato, il 27 dicembre 1991 aveva fatto scattare un nuovo blitz antimafia in città. In carcere, con l'accusa di associazione di stampo mafioso finalizzata all'estorsione, erano finite 14 persone. 

Nonostante il costruttore godesse di una vigilanza radio-collegata, attivata a sua chiamata, ciò non è stato sufficiente per salvargli la vita. Il 6 Novembre 1992, mentre sulla sua "Y 10" percorreva via Napoli, i killer gli hanno sparato più colpi di pistola, colpendolo alle spalle, al polso sinistro e alla gola. L’imprenditore si è accasciato sul volante e la corsa in ospedale è stata una inutile corsa contro il tempo. La sua morte è avvenuta proprio mentre, ironia della sorte, in comune si discuteva del nuovo piano regolatore generale. Tanto gli esecutori materiali quanto i mandanti dell’omicidio sono stati assicurati alla giustizia e condannati all’ergastolo dalla Corte di Assise di Appello di Bari nel 1999.

L’esempio di Giovanni Panunzio è il faro da seguire per i cittadini di Foggia e non solo, la memoria della sua vita e della sua ribellione al sopruso del malaffare è profondamente radicata nell’attività svolta dall’associazione 'Giovanni Panunzio-Eguaglianza Legalità Diritti', attiva nel territorio di Foggia e provincia già dai primi mesi del 2015. 

Anche quest'oggi, 26 anni dopo, Panunzio è stato ricordto nella piazza che porta il suo nome e in un incontro che si è svolto al chiostro Santa Chiara del capoluogo dauno. "La malavita ha stroncato la vita di mio padre, però non ha stroncato le sue idee" ha ricordato il figlio Michele ai microfoni di FoggiaToday. Così la nuora Giovanna Belluna: "Noi foggiani siamo buoni a lamentarci, però poi cosa facciamo ogni giorno per la nostra città?"